水稻在栽培过程中经常会遇到黑根、烂根导致不长苗的现象，一遇到这一种情况，农民首先会认为是肥料有问题，其实不然。出现这样一种现象的根本原因和土壤性状关系较大，根本原因是在缺氧情况下，土壤中还原物积累较多，如硫化亚铁等，造成秧苗根系腐烂，进而影响水稻生长。土壤中还原物含量不同，其受害轻重差别也大，水稻受害的重要标志是发生黑根、烂根。根据受害程度不同，可分为三种类型：
轻度黑根地上部分长势好，根部只有部分或少部分发黑，拔起根时不沾泥，无显著臭味，将拔起的根置于空气中，这种黑色物质（少量的硫化亚铁）不久将逐渐消失。这对根的吸收功能未受严重损害，根部尚未腐烂，秧苗生长后期根系生长可恢复正常。
严重黑根部分根为黑色或蓝黑色，沾泥，刚拔起时可嗅到臭味，地上部分生长较差。这种黑色物质是由于根部表明产生硫化亚铁的缘故。把黑根放在极稀的石灰水中（万分之一），黑色很难褪去，而轻度黑根的黑色则可以褪色。严重黑根的根部呼吸和吸收作用都已减弱，根内碳水化合物的含量减少，但根的内部组织还未破坏，无腐烂中毒现象。
中毒腐烂型黑根根初期为半透明，根内充满硫化氢的水溶液及少量硫化亚铁黑色物质，刚拔起时有刺鼻臭味，根系无弹性，内部组织已破坏，部分腐烂变质，稻苗长势弱，有时造成死亡。
以上三种黑根现象，前两种较为经常发生，第三种较少。处理方法：前两种能马上落干晒田，提高土壤透气性，降低还原物含量；第三种现象情况出现，须首先查明原因，再采取对应措施。
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